Здание школы было построено в 1923 году. Здесь находилось педучилище. С 1977 года это здание передали ГОНО. 

1 сетября 1977 года состоялось открытие школы. Его первым директором был назначен Исмаилов Джамалутдин Казанфарович. Первыми учениками стали учащиеся разных школ города. 

В 1978 году состоялась первая линейка, посвящённая Дню пионерии. Активные участники субботника были награждены грамотами. Вручал грамоты директор школы Джамалутдин Казанфарович.

12 сентября 1989 года Решением №362 Городского исполкома н/д. школе №16 присвоено имя учёного, просветителя Мирзы Казем-Бека.

С 1977 года школой руководили:

1. Исмаилов Джамалутдин Казанфарович 1977-1981 г. (учитель географии).

2. Керимханова Валида Гаджиевна 1981-1983 г. ( учитель математики).

3. Ибрамхалилов Исмет Керимович 1983-1985 г. ( учитель физики).

4. Ахмедов Хосров Мамедович 1985- 1993 г. (учитель русского языка и литературы).

5. Фаталиева Баджи Мигдаровна 1993 - 2015 г. (учитель русского языка и литературы).

Первые учителя школы:

Джафаров Алирза Фереджуллаевич. С 1977 года начал работать в СОШ №16 учителем математики. Был секретарём учительской организации, затем секретарём партийной организации. С 1994 года по 2005 год проработал завучем школы.

 Гашимова Пуста Мигдаровна. С 1977 года со дня открытия школы по настоящее время работает в этой школе. Является членом профкома, членом совета школы, преподает в начальной школе.

Багирова Раиса Куламовна. С 1977 года работала в СОШ №16, за свой добросовестный труд награждена Почётными Грамотами, получила звание “Учитель - методист”.В 1989 году было присвоено звание “Заслуженный учитель школы РСФСР”.  С 1996 года работает в СОШ №18.

 Султанова Рагибе Гуламирзоевна. С 1977 года со дня открытия школы по настоящее время работает в этой школе учителем истории.